日本的水路交通十分發達,港口接近20個,航線多達幾百條。日本的陸路交通大部分依賴地鐵、輕軌、鐵路等軌道交通,新幹線是日本的高速鐵路客運專線系統,以“子彈列車”聞名,是軌道交通的現代化標誌。
日本的空中交通堪稱完美,首都的羽田機場和成田機場是日本的空中大動脈,在2008年世界機場服務質量的排名中,東京羽田機場位列第一,函館、福岡、大阪、關西、北九州、那霸的機場都是日本的空中交通樞紐。日本航空、全日空、北海道國際航空、天馬航空 (SKY)日本四大航空公司是日本空中交通的重要標誌。