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大三巴牌坊是天主之母教堂(即聖保祿教堂)的前壁遺址。
聖保祿教堂屬聖保祿學院。天主教的耶穌會士早在1565 年已在聖安多尼堂側建立起第一間會院，後又在大三巴山上修建新會院，並附設教堂和供講授教理之用的學校。至1594 年，該學校升格為學院（當時的大學），成為遠東地區最早的一所西式大學，這就是著名的聖保祿學院。
與聖保祿學院毗連的聖保祿教堂，創建於1580 年，於1595 和1601年先後兩次失火，教堂焚毀。1602年開始第三次重建，現在牌坊左側還存有當時的奠基石。整個建築工程直至1637-1640年間才完全竣工；目前所見的教堂前壁就是最後落成的部分。1835 年，一場大火燒毀了聖保祿學院及其附屬的教堂，僅剩下教堂的正面前壁、大部份地基以及教堂前的石階。自此之後，這裏便成為世界聞名的聖保祿教堂遺址。
