博物館整體規劃面積約2100畝,其中生態園區占地400畝,古文化園區占地約800畝,鄉村休閑園區占地約900畝。博物館以保護水源、保護母親河、展示黃浦江歷史文化和馬橋 古文化為主題,以文化展示、生態示範、休閑旅遊、科普教育為主要功能的大型生態園區。
博物院由古生態園區、古文化園區和農業觀光樂園組成。古生態園區以河道、古塔、古樹、景觀石、仿古建築為主要構件,以古樸、自然、野趣為格調,園內有半年以上的古樹 800余棵,有移建的古橋25余座。園內還有水生物科普館以及古橋科普館兩個科普項目。古文化園區集中發掘和展示了黃浦江文化、馬橋文化及馬橋歷史文化名人。建有馬橋古文化 遺址仿真館、董其昌畫院等。農業觀光樂園以現代農業觀光、黃浦江岸農家生活及鄉土文化展示、農家休閑娛樂為主要功能,設農業生態展示區、江岸村落展示區、水生經濟作物 園區、果樹種植區、垂釣區、購物休閑街、農家度假村、農業科技展示館等八大項目。
當你走進已基本完成構架的古生態園區,你隨處見到成片成片的古樹,或蒼天高聳,或老態龍鐘,或殘枝落發,銀杏、香樟、紫微、木瓜、銀桂、對節白蠟、瓜子黃楊,各領風 騷,相得益彰,構成了一副蒼勁、幽深而又充滿活力和詩意的古生態畫卷。
與古樹相伴的是形象生動、形態各異、取自不同領域、重達幾十噸的巨石:太湖石、三江紅、鐘乳石、火山石。有的如群峰巍然、有的似仙女展讀有的象如來打坐、有的如大鳥 展翅,有的更像遠航的風帆,給人以鬼斧神工之嘆。